Après la dernière mise à jour, des utilisateurs ne parvenaient plus à ouvrir les liens de certaines applications. Lorsqu'ils essayaient néanmoins de les ouvrir, l'application se plantait. Cela concernait non seulement Safari, Mail et Messages, mais aussi des applis de tiers. Le bug se manifestait surtout sur les nouveaux iPhone et iPad.

Des appareils plus anciens avaient, eux, déjà connu des problèmes d'activation après la mise à niveau vers iOS 9.3. En raison d'un bug, les utilisateurs ne pouvaient accéder à l'écran d'ouverture de session, ce qui faisait que leur appareil s'avérait inutilisable. Le problème avait précédemment déjà été résolu par Apple.

La mise à jour d'iOS 9.3 est l'une des plus désordonnées qui soit depuis le lancement du système d'exploitation, mais tout devrait à présent rentrer dans l'ordre. iOS 9.3.1 peut être simplement téléchargée sur l'iPhone, iPad et l'iPod Touch.