L’ordinateur au service de l’ADN

L’ADN humain comporte normalement deux copies de chaque gène. Mais dans la pratique, certains morceaux du chromosome ne sont présents qu’en un seul exemplaire ou au contraire en trois exemplaires, ce qui entraîne une anomalie génétique.

L’ADN humain comporte normalement deux copies de chaque gène. Mais dans la pratique, certains morceaux du chromosome ne sont présents qu’en un seul exemplaire ou au contraire en trois exemplaires, ce qui entraîne une anomalie génétique.

Dans le cadre d’une collaboration entre la faculté d’ingénieurs de Leuven et l’hôpital Gasthuisberg, Steven Van Vooren a entamé un doctorat il y a cinq ans pour écrire un logiciel capable d’interpréter ces données. Lorsqu’il s’est rendu compte que de nombreux autres hôpitaux pourraient aussi en tirer parti, il a fondé la firme satellite Cartagenia avec le concours du chercheur Bert Coessens et des professeurs Yves Moreau, Joris Vermeersch et Bart De Moor. Ils ont choisi l’entrepreneur Herman Verrelst pour occuper le poste de CEO.

“Les techniques de dépistage génétique ont connu une véritable révolution ces dernières années, explique Van Vooren. Mais le résultat est qu’on se retrouve avec une masse énorme de données numériques, le problème étant que le test proprement dit ne prend qu’une journée alors que le médecin a besoin de beaucoup plus de temps pour l’interpréter.” C’est là que Cartagenia intervient avec son logiciel Store+Bench à base Web: celui-ci indique non seulement les anomalies dans le génome étudié mais relie aussi les constatations à des informations issues de banques de données publiques et de publications biomédicales. Selon Van Vooren, ceci simplifie le travail du médecin : “Le médecin voit s’afficher pour chaque gène déviant toute une série de liens pertinents vers des publications connues. Il peut instantanément cliquer sur un de ces liens pour aboutir au résumé de la publication et grâce à une technique d’exploration de données, le logiciel lui présente des cas de patients similaires et des gènes de maladies connues.”

Au départ, Cartagenia vise surtout le marché européen, où la société a déjà établi de nombreux contacts lors de congrès scientifiques. “Nous prévoyons que plusieurs centaines de milliers de tests génétiques sont nécessaires chaque année en Europe. Le nombre de tests et la quantité de données ne vont cesser de croître et pour l’heure, nous sommes la seule société à proposer une telle solution globale dans ce créneau. A l’heure actuelle, une trentaine d’hôpitaux dans 15 pays différents évaluent gratuitement notre technologie, et Cartagenia est en cours de négociation pour conclure ses premiers contrats. “D’ici la fin de cette année, une bonne quinzaine de contrats devraient être conclus et nous prévoyons d’engager deux ou trois personnes supplémentaires, de préférence des développeurs Java ayant des connaissances en bioinformatique.”

Appellation: Cartagenia, http://www.cartagenia.comSiège: HeverleeAnnée de fondation: octobre 2008Effectifs: 3Investissements et/ou subsides:- Fonds propres : 300.000 EUR- Fonds Gemma Frisius : 200.000 EUR- Vinnof (Vlaams Innovatiefonds) : 200.000 EUR